Bionic Commando volta a entrar em acção como a primeira verdadeira sequela do original de 1988, com o regresso de Nathan "R.A.D." Spencer, melhorado bionicamente.
Dez anos após ter derrotado heroicamente os Imperials, ele foi traído, preso e condenado à morte, vítima de uma conspiração. No dia da execução de Spencer, os terroristas detonam uma arma experimental na Ascension City, provocando um tremor de terra que deixa a cidade em ruínas e dizima toda a população.
Com a cidade controlada por uma força terrorista cujos objectivos permanecem desconhecidos, a única opção dos TASC é confiar num Bionic Commando.
Bionic Commando transpõe a tão apreciada acção de tiroteios, característica do original, para um fantástico ambiente 3D que envolve arranha-céus, estradas e monocarris suspensos, desfiladeiros de grande profundidade e penhascos íngremes, que são percorridos através de técnicas de baloiçar, de escalada, de alpinismo e de trepar paredes.
Bionic Commando irá incluir um modo multijogador completamente desenvolvido que apresentará mecanismos de cabos para baloiçares de plataforma em plataforma, enquanto persegues os teus adversários. Os jogadores necessitarão de utilizar todas as capacidades que foram aperfeiçoadas no modo para um jogador para mostrar o verdadeiro poder de um Bionic Commando. O jogo irá apresentar um sistema de grupo matchmaking e a possibilidade de uma análise minuciosa das estatísticas dos teus adversários.