O tempo está a esgotar-se para Ratchet e Clank na sua recente aventura interestelar na PS3. O Grande Relógio está em contagem decrescente enquanto Ratchet descobre que o seu velho inimigo, o Dr. Nefarious, está por detrás do rapto de Clank.
Com a ajuda de um misterioso Lombax, Ratchet tem de embarcar numa nova missão para salvar o seu amigo robótico antes que o Dr. Nefarious obtenha controlo da arma mais poderosa do universo... o próprio tempo.